बाबा सिद्दीकी यांच्या हत्येने अनेक प्रश्न निर्माण केले आहेत आणि या मुद्द्यावरून विरोधकांनी सरकारवर जोरदार टीका केली आहे. विशेषतः पुणे कनेक्शन समोर आले असून पुण्यातील कर्वेनगर भागात बिष्णोई गँगने हत्या कट आखला असल्याची माहिती आहे. या प्रकरणामुळे राज्यात राजकीय अस्वस्थता निर्माण झाली आहे. यामुळे सरकारची यंत्रणा पारखण्यात आलेली आहे. विरोधकांनी या घटनाक्रमाने कायदा-सुव्यवस्थेच्या आघाडीवर सरकारवर टीका केली आहे. महाराष्ट्रामध्ये गुन्हेगारी नियंत्रणाची गरज आणि पुणे कनेक्शनची सत्यता याबाबत चर्चा सुरू आहे. बाबा सिद्दीकी यांच्या हत्येने अनेकांच्या मनामध्ये चिंतेची लाट निर्माण केल्याने सुरक्षा व्यवस्थेवरील अपेक्षा वाढल्या आहेत. मंत्री आणि वरिष्ठ अधिकारी यावर काय निर्णय घेणार याकडे प्रत्येकाचे लक्ष लागले आहे. विविध गटांनी सिद्दीकी यांच्या जिवावरून तार और राजकीय लाभ मिळवण्याचा प्रयत्न केला आहे याचा विरोधकांनी उपयोग करून सरकारवर दबाव टाकण्याचा प्रयत्न केला जात आहे.